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Micro Manager et Arduino pour le pilotage de stations de microscopie

2 jours : du 1er au 3 juin 2015 Participants : 12 personnes maxi

Lieu de formation Observatoire Océanologique 06234 Villefranche-sur-Mer

Objectifs de la formation L’obsolescence informatique rapide confronte de nombreuses plateformes à des renouvellements d’équipements (cartes, logiciels) pour continuer à utiliser des solutions d’acquisitions commerciales coûteuses. Le logiciel Micro-manager qui est une solution libre et gratuite permet de piloter de nombreux périphériques de la microscopie et peut permettre de mettre à jour des stations d’acquisition ou de concevoir de nouveaux outils d’imagerie.

L’objectif est de donner les moyens aux participants d’interagir avec les périphériques, de faire évoluer librement une installation d’acquisition d’images en microscopie, et de pouvoir concevoir des solutions originales dans ce domaine. Ce sera également l’occasion d’échanger entre les participants sur leurs utilisations de cette solution et d’alimenter les fiches diffusées sur le site web du réseau.

Programme indicatif

JOUR 1 – Après-midi Micromanager : théorie + installation Connecteurs et ports de communication (digital, analogique) Fonctionnement des triggers

JOUR 2 – Matin Mise en place d’une configuration sur un poste réel (nikon, zeiss, leica, banc camera) Fichiers de configuration Plugins MManager pour ICY (stage ctrl, localisation plugins, acquisition intelligente, live measurements. Stage tracking). Scripts d’acquisition dans MM et/ou MM pour ICY Tests sur la station configurée. JOUR 2 – Après-midi Arduino : théorie Atelier Arduino Pratique : leds, tensions, températures Commande via le serial monitor Présentation du pilote Arduino pour MM et configuration en tant que périphérique MM Réaliser une boite pour arduino en CAO (Freecad) imprimable en 3D

JOUR 3 – Matin 3 projets au choix seront proposés aux stagiaires

Table ronde

Intervenants Fabrice de Chaumont CNRS Unité d’Analyse d’Images Biologiques URA 2582 Institut Pasteur http://icy.bioimageanalysis.org/ Stéphane Dallongeville CNRS - Unité d’Analyse d’Images Biologiques URA 2582 - Institut Pasteur

Jérôme Mutterer CNRS - Institut de biologie moléculaire des plantes – UPR 2357

Brice Detailleur CNRS - IBDM - UMR 7288 Luminy Marseille

Thierry Legou CNRS - Université de Provence UMR 7309 - Laboratoire Parole et Langage

Frédéric Brau CNRS- UNS - Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire - UMR7275 Valbonne

Christian Rouvière CNRS - LBDV - UMR 7009 Observatoire Océanologique Villefranche-sur-Mer

Retour sur l’ANF

Du 1er au 3 juin 2015 l’action Nationale de Formation "Micro Manager et Arduino pour le pilotage de stations de microscopie" a réuni 14 participants et les membres du groupe 3P sur le site du laboratoire Biodev à Villefranche sur Mer.

La formation a alterné une présentation des outils par les intervenants et des TP et réalisations pratiques de prototypes pilotés par Arduino par les stagiaires. Une boite spécialement adaptée au prototype a été fabriquée à cette occasion par impression 3D. Les supports de cours sont disponibles sur les pages intranet du site web concernant le groupe 3P.