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Maîtrise de la segmentation d’images en microscopie

La Tronche 15 au 17 septembre 2015

CONTEXTE ET OBJECTIFS

L’analyse d’images joue un rôle de plus en plus grand dans l’interprétation et la quantification des images de microscopies en biologie. La qualité et la robustesse des résultats obtenus par analyse d’images dépendent essentiellement de l’étape dite de "segmentation" qui consiste à extraire des zones ou objets d’intérêt. La segmentation d’image est une des étapes critiques de l’analyse d’images et recouvre une multitude d’algorithmes. La difficulté véritable pour l’utilisateur est d’identifier parmi ces algorithmes ceux qui sont utiles et efficaces pour le type d’images à analyser et éliminer ceux dont l’utilisation n’est pas adaptée ou qui sont potentiellement sources d’artefacts. Le but de cette spécialisation est d’une part de former les participants aux méthodes nouvelles de segmentation d’images et d’autre part, de leur donner une expérience pratique de la mise en oeuvre de ces outils.

Les participants sont vivement encouragés à amener des images (sur CDROM ou clé USB) de leur propre matériel biologique, les travaux pratiques consisteront à définir des approches de segmentation adaptées à ces images.

PUBLIC ET PRE-REQUIS

Ingénieurs de recherche et chercheurs ayant déjà une pratique confirmée de l’analyse d’images en microscopie. Il ne s’agit pas d’une formation de base mais d’un perfectionnement.

Nombre de places : limité à 8 personnes

PROGRAMME

Le stage d’une durée de trois jours est organisé de la façon suivante :

9h00 à 11h00 cours théorique sur une approche de segmentation donnée 11h00 à 11h15 Pause café 11h15 à 12h00 table ronde - problèmes de segmentation des participants, définition de la partie pratique de l’après-midi

Déjeuner

14h00 à 15h00 travaux dirigés, illustration pratique de mise en oeuvre de la théorie enseignée le matin 15h00 à 15h30 Pause café 15h30 à 18h00 travaux pratiques - résolutions des problèmes de segmentation des participants tels que définis dans la table ronde le matin

INTERVENANTS

Yves USSON, UMR5525 Laboratoire TIMC-IMAG, La tronche Arnold FERTIN, UMR5525 Laboratoire TIMC-IMAG, La tronche

LIEU

Laboratoire TIMC-IMAG, Institut d’Ingéniérie et d’Information de Santé Pavillon LE TAILLEFER Domaine de la Merci 38706 LA TRONCHE

POUR INFORMATION

Personnels CNRS : coût de la formation et de séjour pris en charge sur le budget formation. Les stagiaires doivent s’adresser au bureau formation de la délégation dont ils relèvent pour une éventuelle prise en charge des frais de déplacement.

Personnels autres EPST : coût de la formation pris en charge sur le budget formation. Les stagiaires doivent s’adresser au bureau formation de leur organisme de tutelle pour une éventuelle prise en charge des frais de déplacement.

RENSEIGNEMENTS

Yves USSON – TIMC-IMAG – Tél. 04 56 52 00 74 – Fax 04 56 52 00 22 - yves.usson chez imag.fr

Voir en ligne : http://membres-timc.imag.fr/Yves.Us...