Ateliers

Titre : Outil de mesure de distortions en Expansion.
Animateurs :  Guillaume Maucort et Sophie Abélanet
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15h & 16h30-17h30 (Salle 2 - Citadelle - 21 places)
Objectifs de l’atelier : Guilaume Maucort membre de la plateforme Bordeaux Imaging Center à Bordeaux, travaille en collaboration avec des membres de notre GT pour proposer un outil simplifié pour évaluer les distortions sur des experiences d’expansion.

Dans les premiers papiers publiés, il est utilisé elastix (https://elastix.lumc.nl/), outil développé par Stefan Klein et Marius Staring. Cet outil permet de gérer des alignements rigides et non rigides pour permettre l’évaluation des distorsions en microscopie d’expansion.

Cet outil n’est pas des plus simple d’utilisation, l’interfaçage est très peu existant, et cet outil fonctionne via lignes de commandes, ce qui ne le rend pas accessible à tous les biologistes.

Guillaume a développé par l’intermédiaire de Jupiter Notebook un interfaçage permettant une utilisation pas-à-pas abordable à tous.

Dans cet esprit de partage, nous avons décidé de proposer un atelier pour présenter l’outil de Guillaume à la communauté. L’idée est donc de permettre aux personnes qui font de la microscopie d’expansion d’avoir accès à un outil simple pour leur permettre d’évaluer les distorsions dans leurs échantillons. Un article est actuellement en préparation, il sera probablement publié au moment des assises.

Titre : Détection et classification des noyaux et cellules
Animateurs : Christophe Chamot, Jean-Daniel Fauny, Nicolas Goudin
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15h & 15h-16h (Salle 4 - Musée - 20 places)
Objectifs de l’atelier : Présenter les outils Deep Learning «clés en main » StarDist, Cellpose pour la détection des noyaux/cellules et l’outil intégré de classification d’objet dans le logiciel libre QuPath.

Titre : Détection des noyaux et cellules en 3D
Animateurs : Bertrand Vernay, Gabriel Le Goff
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15h & 16h30-17h30 (Salle 3 - Beaux-arts - 37 places)
Objectifs de l’atelier : Présenter les outils Deep Learning «clés en main » pour la segmentation 3D (StarDist, Cellpose, Biom3d).

Titre : Détection de tissus avec classification de pixel utilisant l’architecture UNET (outils clef en main).
Animateurs :  Marie-Claire Blache, Jean-Daniel Fauny
Créneaux : Mercredi 22 mai 16h30-17h30 (Salle 1 - Vieux Lille/Grand Place - 36 places)
Objectifs de l’atelier : Présenter les outils Deep Learning «clés en main » de type UNet pour la segmentation d’image (classification de pixel)

Titre : Approcher et de comprendre les étapes pour réaliser de petits prototypes électroniques
Animateurs : Tout le groupe
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15, 15h-16h & 16h30-17h30 (Hall - 20 places)
Objectifs de l’atelier : Le but de l’atelier s’articulera autour d’un "escape game" composé de trois volets distincts qui permettront aux participants d’approcher et de comprendre les étapes pour réaliser de petits prototypes électroniques (pilotage, programmation et conception de pièces en impression 3D).

Pour chaque mini atelier, les participants disposent de 15 minutes pour le réaliser à partir de tutoriaux et avec l’aide des animateurs. Le groupe qui mettra le moins de temps à réaliser les trois ateliers sera considéré comme le vainqueur de "l’escape game"(Avec une mini récompense à la clef (carte Arduino))

Cette animation par le groupe de travail, donnera une vue d’ensemble de ce que peut apporter le groupe de prototypage et les possibilités envisageables pour la réalisation de petits dispositifs en rapport avec leurs problématiques

Titre : Carte mentale pour la prise en main des techniques de SMLM
Animateurs :  Céline Malleval Loisel, Lydia Danglot
Créneaux : Mercredi 22 mai 16h30-17h30 (Salle 4 - Musée - 20 places)
Objectifs de l’atelier : Au cours des deux dernières décennies, des méthodes de microscopie capables de surmonter la limite de diffraction et de permettre l'imagerie de structures biologiques à l’échelles de la dizaine de nanomètres sont apparues. Ainsi, les techniques de SMLM se sont démocratisées et des systèmes commerciaux rendent leur accès possible au plus grand nombre. La prise en main de ces techniques peut cependant représenter un obstacle.

L’atelier a pour but d’accompagner les utilisateurs néophytes dans le choix de la technique (STORM, PALM, ou DNA PAINT) et dans le choix de leur fluorophores/protéines fluorescentes et de leur protocole de marquage, car il est souvent primordial de se poser ces questions avant d’envisager toute expérience.

Pour cela, les membres du groupe pointillisme du RTMFM se proposent d’accompagner la prise en main de ces techniques grâce à divers outils dont une carte mentale regroupant un large éventail d’informations allant de l’identification du système à proximité de l’utilisateur, de la prise en compte de ses caractéristiques techniques pour être en adéquation avec l’usage prévu, en passant par la préparation d’échantillon, l’acquisition et l’analyse.

La carte mentale présentée est un arbre décisionnel permettant à l’utilisateur, de répondre pas à pas à cette liste de questions afin d’identifier simplement la technique et le protocole le plus adapté à sa question biologique et aux machines locales disponibles. L’objectif de cet atelier est de présenter cette carte mentale sous forme dynamique en l’explorant avec les participants de façon chronologique comme un utilisateur novice pourrait le faire au début de son parcours de prise en main des techniques de SMLM.

Afin de mieux appréhender les paramètres clefs de cet arbre décisionnel, les notions suivantes seront expliquées au cours de l’atelier à travers plusieurs applications biologiques et techniques (imagerie des microtubules, imagerie des mitochondries, efficacité de clignotement de fluorophores JF vs Alexa, intensités et précision de localisation, …)

Titre :  Outils et pratiques pour mesurer et suivre les performances d’un microscope super-resolution
Animateurs :  Orestis Faklaris, Magali Mondin, Damien Schapman
Créneaux : Mercredi 22 mai 15h-16h (Salle 1 - Vieux Lille/Grand Place - 36 places)
Objectifs de l’atelier :

- Sensibiliser la communauté sur les artéfacts qui peuvent être crées sur les images acquises par les techniques de microscopie super-resolution (type PALM/STORM, STED, SIM)

- Discussion autour d’une proposition des outils et protocoles pour mesurer i) les performances d’un microscope super-resolution, ii) des premières mesures à effectuer après l’installation sur site d’un microscope super-resolution

Titre : Avancées et défis dans la métrologie et la qualité des microscopes à feuille de lumière
Animateurs :  Aurélien Dauphin, Tudor Manoliu
Créneaux : Mercredi 22 mai 15h-16h (Salle 3 - Beaux-Arts - 37 places)
Objectifs de l’atelier : Questionner et récupérer les avis des utilisateurs de notre communauté sur les dernières avancées, les meilleures pratiques et les défis associés à la métrologie et à la qualité des microscopes à feuille de lumière. Ouvrir la discussion autour des propositions des outils/solutions/besoins et protocoles pour mesurer les performances d’un microscope à feuille de lumière au cours du temps et dès l’installation.

Titre : Outils d’analyses pour les cerveaux de souris entiers transparisés
Animateurs: Jérémie TEILLON
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15h (Amphi - 200 places)
Objectifs de l’atelier :

• Rappel théorique  sur  les  méthodologies  de  transparisation  des  échantillons  avec  focus  sur
  IDISCO
• 2- Logiciel CLEARMAP  pour  la  détection  et  cartographie  de  cellules  d’intérêt  dans  un  cerveau
  Exemple des cellules positives à CFOS pour l’analyse de l’activité cérébrale.
• 3- Analyse des projections neuronale d’une région spécifique vers le reste du cerveau.

Titre : Science in VR: discovering, explaining, and analyzing multidimensional scientific data in virtual reality
Animateurs : Arnim Jenett, arnim.jenett@cnrs.fr; Pierre Affaticati, pierre.affaticati@cnrs.fr
Créneaux : Mercredi 22 mai 15h-16h & 16h30-17h30 (Amphi - 200 places)
Objectifs de l’atelier : Introduction of the audience to the concept of virtual reality in biological research

Titre : Comparaison d’un outil open source vs commercial pour l’analyse en FLIM
Animateurs :  France Lam & Lina El Hajji
Créneaux : Mercredi 22 mai 14h-15h (Salle 1 - Vieux Lille/Grand Place - 36 places) & 15h-16h (Salle 2 - Citadelle - 21 places)
Objectifs de l’atelier : Montrer le multiplexage en FLIM grâce à la representation Phasor avec un outil open source vs un outil commercial