Tables rondes

STED, SMLM ou expansion, quelle technique pour atteindre une mailleure resolution pour nos échantillons

Karine Monier, Magali Mondin, Sébastien Mailfert

Les techniques de super-résolution basées sur la détection de molécules individuelles (SMLM) se développent depuis une vingtaine d’années. En 2006, l’apparition du PALM (Betzig et al., Science) et du STORM (Rust et al., Nature Methods), a permis d’atteindre des résolutions de quelques dizaines de nanomètres, ordre de grandeur jamais atteint auparavant en microscopie photonique. Ces techniques continuent de se développer, à la fois du point de vue de la préparation des échantillons (émergence du DNA-PAINT, développement de sondes), mais aussi du point de vue de l’acquisition (TIRF/HILO, optiques pour la localisation 3D) et enfin du point de vue de l’analyse (algorithmes de localisation à haute densité, utilisation du deep learning). Enfin, des systèmes commerciaux sont apparus afin de démocratiser l’emploi du SMLM dans les plateformes.

La mise en œuvre de ces techniques restant parfois complexe, notamment sur les plateformes d’imagerie, les membres du RTMFM ont ressenti le besoin d’échanger autour de leurs savoir-faire afin de les partager et de les mettre à disposition de la communauté. Depuis sa création en 2017, le groupe n’a cessé de tester ou comparer des outils en SMLM, de participer à des évènements de formation et de participer à des projets de développement.

Au cours de cette discussion nous reviendrons sur la puissance de ces techniques, et sur leur diversité. Nous verrons par quelles actions le GT pointillisme participe à mieux comprendre et maîtriser ces techniques mais aussi à leur évolution permanente. Enfin nous discuterons de l'avenir de ces techniques et donc ce vers quoi le groupe va tendre pour les prochaines années.

Metrologie: comment FAIR de la donnée une métadonnée

Julio Mateos Langerak, Thomas Guilbert

Les plateformes d'imagerie offrent l'accès à des équipements de pointe ainsi qu'à l'expertise nécessaire, et s'engage à fournir le meilleur service possible à la communauté scientifique. Ainsi, les ingénieurs de plateforme doivent mettre en place les procédures nécessaires pour garantir que les performances des équipements sont maintenues au meilleur de leur potentiel dans le but d'améliorer la reproductibilité en recherche scientifique. Ces procédures sont engagées, tout d'abord lors de l'installation de nouveaux équipements pour garantir l'acceptation selon un tableau de spécifications prédéfini (du côté constructeur), et deuxièmement pendant la durée de vie du système où une maintenance périodique est effectuée par le personnel de plateforme (institutionnel) dans le but de :

- Détecter au plus tôt toute dégradation des performances
- Diagnostiquer le problème et réagir en conséquence
- Fournir des preuves dans le dialogue avec les fabricants de microscopes
- Calibrer le matériel
- Eventuellement, fournir des données de suivi de qualité et d'analyse, ainsi que des métadonnées, aux utilisateurs des systèmes.

Malgré l'importance et l'intensité du travail accompli, cette tache est peu reconnue par les utilisateurs. De plus, les données ainsi générées, bien qu'essentielles pour les résultats scientifiques, ne sont pas systématiquement associées aux données de recherche.

L'objectif de cette table ronde est d'explorer comment une "FAIRification" des données en métrologie pourrait contribuer à valoriser le travail des ingénieurs en plateforme.

Marquages fluorescents des échantillons épais, difficultés et pistes d’amélioration

Matthieu Simion et François Michel

- Identifier les problèmes de marquage
- Discuter des modifications de protocole pour améliorer les marquages
- Répertorier, pour diffusion ultérieure, les succès et échecs de marquage en fonction des
protocoles de transparisation