Porteurs de l’action : Remy Flores Flores et Cédric Matthews
Le but de se groupe est de se saisir des nouveaux outils disponibles sur les instruments de nouvelles générations et qui permettent de réaliser des séquences d’acquisitions d’imagerie à façon avec un pipeline de fonctions incluant des méthodes de deep-learning pouvant adapter l’acquisition aux évènements passés ou futurs. On retrouve ces outils dans la communauté des industriels tel Zeiss avec le module OAD, Nikon avec le module Job, Leica avec le module …. , ainsi que dans le champ des applications libres de droits comme MicroManager.
Le constat est qu’aujourd’hui, la culture de la programmation de ces interfaces n’est pas diffusée au sein de la communauté des plateformes, et que leur émergence conjointe avec des outils de deep-learning va révolutionner les méthodologies au sein des plateformes d’imagerie. Nous proposons donc d’animer cette diffusion et de faire avancer des évolutions techniques en parallèle.
Finalité détaillée de l’action :
- Constitution d’un groupe de travail, mutualisation des connaissances techniques
- Organiser une journée thématique avec la présence des industriels qui présenteront leurs solutions avec des sessions de formations à leurs interfaces et bibliothèques
- Organiser un Hackathon avec en amont un appel à contribution où seront sélectionnées les problématiques d’acquisition intelligente, s’en suivront une à deux journées de programmation pour livrer les solutions (il est à noter que le produit résultant de ce travail collégial sera soumis à une licence de non commercialisation et d’ouverture en partage et open source)
- Organiser un Hackathon smart metrology pour automatiser l’acquisition de PSF, le but étant de poser la lame sur le microscope et de laisser faire l’application pour toute la séquence d’acquisition, le livrable étant une PSF moyennée.
- Prototyper un microscope intelligent et répondre à un éventuel appel à projet de la MITI pour financer le développement
Pour ce faire, le GT va se réunir pour une première rencontre durant l’année 2024. Cette action fait suite à un Table ronde lors d’une réunion des ingénieurs de plateformes et chercheurs de la discipline lors des journées FBI en décembre 2024.
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