Historique des Assises

à venir !!

Présentation Institution & Reseau :

• • Présentation du RTmfm - Sophie ALLART, coordinatrice et présidente II du RTmfm

• • Présentation de la MITI - Anne-Antonella SERRA, responsable de la plateforme des réseaux du CNRS

• • Présentation de l'Observation Océanologique de Banyuls sur mer, Yves DESDEVISES, directeur de la Fédération de Recherche de l'OOB

• • Présentation "passeport formation FBI", Edouard BETRAND & Alexandre PHILIPS

• • Présentation de CID et d'Omero, Sophie ABELANET & Pierre BOURDONCLE

Présentation des GT du RTmfm :

• • GT 3M, Orestis FAKLARIS

• • GT 3P & ALL, Brice RONSIN

• • GT SAV, Jacques BROCARD

• • GT Transparisation, Romina D'ANGELO & Matthieu SIMION

• • GT Pointillisme, Magali MONDIN & Karine Monnier

Présentation Scientifique :

• • 3D genome organization: role of the nucleolus and single-gene imaging in planta, Frédéric PONTVIANNE - Mécanismes épigénétiques et architecture de la chromatine, Laboratoire génome et Développement des Plantes, Perpignan

• • De l’imagerie confocale au profil moléculaire : le modèle de la roussette, Ronan LAGADEC et Sylvie MAZAN - BIOM, OOB, Banyuls sur Mer

Compte-rendu des tables rondes :

• • TR1 : Suivi de nos systèmes _ de l’installation à la benne !, Daniel SAPEDE et Bertrand VERNAY

• • TR2 : Intérêt des contrats de maintenance et leurs limites, Jacques BROCARD et Artemis KOSTA

• • TR3 : Déconvolution et algorithme de reconstruction : fiabilité et limites, Julien DUMONT et Vincent CONTREMOULINS

• • TR4 : Les défis de la gestion de données, Faisal BEKKOUCHE & Julio MATEO-LANGERAK

• • TR5 : Nouveautés dans les formations pour personnels de plateformes : sujets et formats?, Laetitia HUDECEK

• • Bilan des Assises, Sophie ALLART, France LAM & Sophie ABELANET

Retrouvez le livret final des Assises Nationales des Plateformes d’Imagerie Cellulaire de Banyuls sur mer en téléchargeant ici.

No Content

19 mars 2018

12h30- 14h00             Accueil / buffet

14h00 - 14h30           Introduction – Sandrine Lécart (Coordinatrice du RT-MFM)

14h30 - 15h00           Présentation de PRIMACEN – Ludovic Galas

15h00 - 15h45           Cardiac lymphatics in cardiovascular diseases : Seeing the invisible in clarified samples – Ebba                                                        Brakenhielm (U1096 INSERM)

15h45 – 16h00         Présentation du pôle Infrastructure de l’INSERM – Valérie Thibaudeau (Pôle Infrastructure Inserm)

16h00 – 16h05          Présentation nouveaux entrants

 16h05 – 16h45          Session Posters / Visite plateforme / Pause

16h45 - 17h15           Holograhie Numérique – Denis Lebrun (UMR6614 CORIA CNRS)

17h15 - 18h30           Les Groupes de Travail du réseau et inter-réseaux de la MI

Modératrice : Sandrine Lécart

3M – Damien Schapman (PRIMACEN) / Aurélien Dauphin (PICT)

3P – Jérôme Mutterer (PICSE-IBMP)

3T / GT all – Sandrine Lécart (IMAGERIE-GIF)

GT échantillon – Orestis Faklaris (ImagoSeine) & Béatrice Durel (IMAG’IC)

GT repositionnement – Sandrine Lécart (IMAGERIE-GIF)

GT couplage – Christophe Chamot (LBI-PLATIM) / Elisabeth Werkmeister (BICel) / Sophie Salomé-                                              Denoulez (BICel)

 18h30– 19h30      Enregistrement à l’hôtel

20h00                     Diner All Sport Café (voir § Informations Pratiques)

20 mars 2018

9h00 - 9h45              Table ronde : Exploration des techniques d'amélioration de résolution confocal – Sophie Salomé-                                                     Denoulez (BICel) / Elisabeth Werkmeister (BICel)

9h45 - 10h15             Migration neurovasculaire et développement cérébral : apports de l’imagerie micro- et macro-confocale                                          – Bruno Gonzalez (U1245 INSERM)

10h15 - 10h30          Le GDR Imabio & MiFoBio – Tristan Piolot (CIRB)

10h30 - 11h00          Pause / Session Posters

11h00 - 11h15           Présentation du nouveau service formation de FranceBioImaging – Caroline Thiriet (FBI)

11h15 - 12h00          Table ronde : Organisation et déroulement d'une formation sur une plateforme de microscopie                                                        photonique – Virginie Georget (MRI) / Elvire Guiot (ICI)

12h00 - 14h00        Déjeuner / Session Posters / Visite plateforme

14h00 - 14h45         Table ronde : Transparisation et imagerie des échantillons biologiques : quelle méthode? quelle                                                      application? – Laurence Dubreuil (APEX) / Orestis Faklaris (ImagoSeine) / Romina D’Angelo (TRI-                                              I2MC) / Thomas Guilbert (IMAG’IC) / David Godefroy (U1239)

14h45 - 15h15          Multiplexage de biosenseurs FRET par FLIM ou comment révéler un gradient de force à travers la taline                                        – Marc Tramier (MRic)

15h15 – 16h00         Table ronde : Gestion des financements avec les équipes de recherche sur les palteformes – Tristan                                                Piolot (CIRB) / Susanne Bolte (PIC-IBPS)

16h00 - 16h30         Pause / Session Posters

16h30 – 17h15          Mutualiser les Moyens de Traitement des Données Biologiques, Approche de l’Institut Français de                                                 Bioinformatique - Christophe Blanchet (IFB)

17h15 - 19h00          Visite guidée de Rouen à 18h, Place de la Cathédrale

19h30                         Diner Le bistrot d’Arthur (voir § Informations Pratiques)

21 mars 2018

9h00 - 9h45         Table ronde : Organisation d'un service d'analyse d'images sur plateforme: Par qui, Pourquoi,                                                          Comment, Combien? – Steven Nedellec (MicroPICell)

9h45 - 10h15        Implémenter la technique de SRRF sur votre plateforme – Audrey Salles (PBI) / Aurélien Dauphin (PICT)

10h15 - 10h45      Pause / Visite plateforme

10h45 - 11h15      Etude du développement du pathogène fongique Verticillium dahlia sur le lin fibre par microscopie                                                 confocale  - Adrien Blum (UniLaSalle) & Cryométhode : application pour la preparation d’échantillons                                           végétaux pour l’imagerie optique et électronique - Sophie Bernard (PRIMACEN & GLYCOMEV)

11h15 - 12h00           Bilan des Assises - Sandrine Lécart, Olivier Renaud, France Lam

12h00 - 13h30            Déjeuner

Organisation
Olivier Renaud, Claude-Marie Bachelet, Cédric Matthews, Anne Cantereau, Sandrine Lécart

Programme

>> Introduction - Sandrine Lécart, Olivier Renaud, Claude-Marie Bachelet
>> André Le Bivic (Directeur de l’IBDM)
>> Présentation des plateformes locales - Cédric Matthews (IBDM)
>> Neurogénèse dans le cerveau adulte: un dogme de 20 ans revisité grâce à la microscopie biphotonique in vivo et l'imagerie en feuillet - Jean-Claude Platel (IBDM UMR7288)
>> Informations de la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS - Catherine Clerc (Responsable de la plateforme des Réseaux)
>> Le développement technologique par des acteurs locaux - Claire Chardes et Fabrice Daian (IBDM)
>> Les Groupes de Travail du réseau et inter-réseaux de la MI - Modératrice : Sandrine Lécart

-> GT-3T - Marc Tramier
-> GT-3P - Christian Rouvière
-> GT-3M + GT inter-réseaux Outils communs - Damien Schapman
-> GT inter-réseaux Couplage - Christophe Chamot
-> GT inter-réseaux Echantillons - Orestis Faklaris

>> Table ronde : Les techniques de transparisation et modalités d’imagerie - François Michel (InMagiC), Laurence Dubreil (Plateforme APEX), Thomas Guilbert (IMAG’IC)
>> Tomographie photoacoustique - Anabela DaSilva (Institut Fresnel, équipe DiMABio)
>> France-BioImaging et le RT-MFM - Jean Salamero (Coordinateur de France-BioImaging)
>> Informations du GIS-IBiSA - Bruno Robert (Directeur du GIS-IBiSA)
>> Table ronde : Labellisation, financement, évaluation des plateformes, modérateur : Cédric Matthews, Intervenants : Bruno Robert (IBiSA) & Jean Salamero (FBI)
>> Microscopie non linéaire - Sophie Brustlein (AP-HM, CERIMED)
>> Présentation du GDR ImaBio - Laurent Héliot (Directeur du GdR)
>> Table ronde : Les marqueurs fluorescents pour la haute résolution - Béatrice Durel (IMAG’IC), Patrice Mascalchi (BIC), Tristan Piolot (PICT)
>> Table ronde : Le métier d’ingénieur(e) de plateforme : contours et évolutions - Modérateur : Frédéric Brau (IPMC / plateforme MICA)
>> Session poster & Pause
>> Visite des plateformes - organisation Cédric Matthews
>> Table ronde : Gérer les données en base, une vision stratégique et bientôt une obligation - Perrine Paul Gilloteaux (FBI IPDM / Micropicell), Philippe Mailly (Collège de France)
>> Plugin Analyse d’image 3D - Jean-François Gilles (IBPS/UPMC)
>> Modélisation 3D avec VPython - Leon Espinosa (LCB CNRS UMR7283) ; Impression 3D, Mythes et réalités - Brice Detailleur (IBDM)
>> Bilan des Assises - Sandrine Lécart, Olivier Renaud, Claude-Marie Bachelet

Participant(e)s
70 participants (F/H : 43/57 %)

44 plates-formes de 23 villes :
Banyuls-sur-Mer, Bordeaux, Castanet-Tolosan, Châtenay-Malabry, Dijon, Fontenay-Aux-Roses, Grenoble, Le Kremlin Bicêtre, Lille, Lyon, Marseille, Montpellier, Mont-Saint-Aignan, Nantes, Orsay, Paris, Poitiers, Reims, Rennes, Strasbourg, Toulouse, Valbonne, Villefranche-sur-Mer, Villejuif.

Sponsors industriels
Andor, Coherent, Essen, Logos, Protéigène, Roper, Zeiss

13èmes Assises Nationales des Plateformes
d’Imagerie Cellulaire du RTmfm
 
17-18 mars 2016 – Montpellier

Contexte
Le Réseau Technologique de Microscopie de Fluorescence Multidimensionnelle (RTmfm) poursuit son tour de France des plateformes. La plateforme Montpellier RIO Imaging (MRI) accueille cette année les représentants d’une quarantaine de plateformes de tailles et d’organisations diverses, des tutelles CNRS, Inserm, Inra, CEA, Université, Instituts public-privé.
A côté d'une thématique scientifique commune, d’une activité et de missions analogues des participants, cette diversité des plateformes motive une telle rencontre au niveau national, car son objectif est de permettre à chacun, quelles que soient les caractéristiques de sa plateforme, de trouver un contenu lui permettant d’élargir ses connaissances et ses compétences, par l’échange.
Au programme, une présentation des plateformes de Montpellier qui sont parmi les premières à s’être regroupées en plateforme régionale et à l’occasion également, la description du nœud Montpelliérain de l’infrastructure nationale France-BioImaging.
Divers points d’actualités nous informeront des objectifs soutenus par la Mission pour l’interdisciplinarité du CNRS et par le GIS IBiSA, très présents dans l’environnement des plateformes. Nous envisagerons avec un horizon européen la place des plateformes dans la formation qui est une mission tenant une place prépondérante dans l’activité quotidienne des participants.
Enfin, à côté de moments consacrés à notre domaine scientifique, des tables-rondes technologiques et organisationnelles consacreront du temps pour que chacun trouve matière à interagir et partager ses expériences.
Les Assises n’ont pas pour but d’homogénéiser le fonctionnement des plateformes mais de permettre à chacun de s’enrichir de l’expérience des autres, de développer des échanges et créer de nouvelles dynamiques, de partager des préoccupations et des expertises spécifiques et par ces rencontres, d’intégrer les nouveaux venus, parfois isolés, dans le paysage professionnel.

Organisation
Sandrine Lécart, Claude-Marie Bachelet, Anne Cantereau
Nous remercions chaleureusement nos collègues Montpelliérains, Geneviève Conéjéro, Julien Cau, Virginie Georget, Carine Alcon, Simon Lachambre pour leur participation à l’organisation.
Nous remercions la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS, France-BioImaging, le GDR2588 MIV, l’ITMO BCDE d’AVIESAN pour leur soutien financier et leur présence ainsi que les structures locales qui ont contribué à la tenue de ces 13èmes Assises à Montpellier, l’Institut de Génétique Humaine, Montpellier RIO Imaging et l’unité mixte de service Biocampus Montpellier.

Programme

>> Accueil des participants - Buffet
>> Introduction / Présentation de l'UMS Biocampus (Laurent Journot, directeur de BCM) et de la plateforme d'Imagerie de Montpellier-MRI (Geneviève Conéjéro)
>> Actualités du RTmfm (Sandrine Lécart, coordinatrice)
>> Mission pour l’Interdisciplinarité (Catherine Clerc, responsable de la plateforme des réseaux)
>> France Bio Imaging (Marcelo Nollmann, responsable du noeud FBI Montpellier)
>> Plateforme PSEN – Sciences végétales (Alain Jauneau)
>> Table ronde : La formation, en France, en Europe et au-delà (participation EuroBioImaging – Fabrice Cordelières)
>> IBiSA : les actualités (Daniel Boujard, directeur adjoint scientifique à L’INSB du CNRS, membre du bureau d’IBiSA, en visioconférence)
>> Compréhension des interactions hôte/pathogène au moyen d'analyses multi paramétriques à haut-débit (Matteo Bonazzi)
>> Application de la microscopie SIM à l'étude de la transcription d'ARN messagers (Eugenia Basyuk)
>> Visite plateforme (groupe 1)
>> Groupes de travail

-> 3P : « Prototypes Pilotage Périphériques »
-> 3M : « Méthodes de Métrologie pour la Microscopie » Aurélien Dauphin, Damien Schapman
-> 3T : « Tutoriels de Transfert Technologique » Marc Tramier

>> Table ronde inter-réseaux RCCM (Béatrice Burdin, coordinatrice), RTmfm (Sandrine Lécart), RéMiSoL (Michel Ramonda, représentant du réseau)
>> Comparatif des solutions logicielles pour le traitement des Big Datas Images (Steven Nedellec, Rémy Flores-Flores)
>> Gestion des plateformes – Achats ou logiciels libres (Olivier Renaud)
>> Table ronde Imagerie rapide (Anne Cantereau et Marc Tramier)
Pour lancer la discussion : Optimisation temporelle d’un spinning disk (Aymeric Millecamps), POMM logiciel de pilotage (Otmane Bouchareb)
>> Assises : bilan et perspectives
>> Visite plateforme (groupes 2 et 3)

Participant(e)s : 59 (F/H, % : 42/58)

Contexte

Le Réseau Technologique de Microscopie de Fluorescence Multidimensionnelle (RTmfm) est heureux de réunir les ingénieurs et chercheurs investis dans plus de quarante plateformes. Après une évaluation en 2014, la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS qui soutient les réseaux nationaux a reconnu l’apport original du RTmfm au côté des autres réseaux de microscopie, le RCCM  et RemiSol. Ces Assises seront l’occasion de fédérer la communauté autour du nouveau projet proposé pour les années 2015-2018. Nous en discuterons avec Sandrine Lécart, la nouvelle coordinatrice du réseau depuis 2015, le comité de pilotage du réseau et Vanessa Tocut de la Mission pour l’Interdisciplinarité.

Un débat avec d’autres structures (IBiSA, FBI, GDR MIV) élargira la réflexion sur la place et l’évolution des plateformes en France et en Europe. L'ouverture des plateformes au monde économique sera abordée avec la présence du pôle de compétitivité Optitec.

Le RTmfm regroupe en France environ 300 personnes expertes en microscopie photonique appliquée à la biologie. Il participe à la dissémination des nouvelles méthodologies et des solutions innovantes dans les laboratoires et plateformes de photonique. Il assure un transfert technologique des laboratoires de recherche vers les plateformes de microscopie où sont guidés et formés les biologistes pour une utilisation optimale des outils développés et mis à leur disposition.

Les assises des plateformes du RTmfm jouent un rôle majeur pour la veille technologique et l’amélioration des connaissances sur les deux pendants de la mission des ingénieurs exerçant leur métier en plateforme, l’expertise technologique, la gestion et l’animation d’un centre commun de ressources. Autour d’échanges formels et informels, ces rencontres sont aussi une occasion d’accueillir les nouveaux entrants et de les aider à identifier les collègues et leurs expertises.

Nous remercions la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS, le GdR2588 MIV, France BioImaging et Optitec ainsi que TRI Genotoul pour leur soutien financier et leur présence. Nous remercions Sophie Allart et les membres de la plateforme TRI pour leur soutien à l’organisation locale.

Nous espérons que les discussions seront riches, animées et permettront de faire progresser la réflexion sur le rôle des réseaux technologiques dans le paysage de la Recherche.

Organisation
Sandrine Lécart, Claude-Marie Bachelet, Anne Cantereau
Comité local : Sophie Allart, Astrid Canivet, Alain Jauneau, Cécile Pouzet, Brice Ronsin, Jacques Rouquette, Dominique Rozet.

Programme

•  Introduction – Présentation de la plateforme d’imagerie de Toulouse TRI (Philippe Cochard)
• Actualités du RTmfm – Renouvellement par la MI – Présentation du nouveau bureau (Sandrine Lécart)
• Mission pour l’Interdisciplinarité (Vanessa Tocut)
• Programme européen OASIS (Marie Lhoutellier)
• Groupes de travail :

-> 3P : « Prototypes Pilotage Périphériques » (Jérôme Mutterer) Prototypes, Imprimante 3 D et application en biologie (Brice Detailleur)
-> 3M : « Méthodes de Métrologie pour la Microscopie » : présentation et mode d’emploi de la « valise métrologie » (Aurélien Dauphin, Perrine Frère)
-> Proposition de nouveaux groupes de travail

• Les Bases de données, un outil de stockage, de gestion et de partage de métadonnées (Matthieu Vigneau)
• Contrôle de la migration collective par optogénétique (Damien Ramel)
• Sources : état de l’art (Julien Roul)
• Présentation du Réseau Technologique FEMTO (Guy Bentuix)
• FLIM et Streack Caméra (Alain Jauneau)
• Caméras : état de l’art (Sébastien Marais)
• Site web - Le tour des questions posées à travers la liste de diffusion
• Utilisation des statistiques en imagerie (Vincent Guillemot)
• Microscopie à feuille de lumière (Corinne Lorenzo)
• Place et évolution de l'imagerie et des PF d’imagerie en France
• Retour du colloque Eubias sur l’atelier « métier d'ingénieur analyste en bio-imagerie » (Perrine Gilloteaux)
• Table ronde avec IBiSA (Daniel Boujard), France BioImaging (Jean Salamero), GDR2588 (Laurent Héliot)
• Visite de la plateforme TRI / démonstration utilisation de la valise de métrologie (Aurélien Dauphin, Perrine Frère, Raphaëlle Desvaux)
• Obsolescence programmée (Cédric Matthews)
• Bilan et conclusion des 12èmes Assises Nationales

Participants : 63 (31F/32H)

Provenance des participants : 16 villes / 32 plateformes :
Banyuls-sur-Mer, Bordeaux, Dijon, Fontenay-aux-Roses , Kremlin-Bicêtre, Lille , Lyon, Marseille , Montpellier ,
Mulhouse, Nice/Valbonne, Orsay , Paris (8 PF), Poitiers, Reims, Rennes, Saint-Paul-lès-Durance, Strasbourg,
Toulouse/agglomération , Vandoeuvre-les-Nancy.

Sponsors

11èmes Assises Nationales des Plateformes

14-15 novembre 2013

Villefranche-sur-Mer

Contexte

Le RTmfm (Réseau Technologique de Microscopie de Fluorescence Multidimensionnelle) oeuvre dans le domaine de l'imagerie biologique. Depuis la fin de l’année 2012, les réseaux technologiques de la Mission des Ressources et Compétences Techniques (MRCT) ont été placés sous la conduite de la Mission Interdisciplinaire (MI) du CNRS dont une des principales missions est d’accompagner les équipes de recherche qui produisent de nouveaux concepts, de nouvelles méthodologies et des solutions innovantes. Le RTmfm, centré sur les technologies de microscopie photonique, est un réseau dynamique : il constitue une force de proposition dans le développement de technologies et méthodologies nouvelles, et encourage la mise en commun des savoir-faire.
Le comité d’organisation est heureux de vous accueillir à l’occasion des 11èmes assises nationales des plateformes du RTmfm. Le programme de ces rencontres, organisées pour les responsables et ingénieurs de plateformes d’imagerie cellulaire, cible nos différentes activités de gestion, accueil, formation et assistance des utilisateurs à l'acquisition d'images sur les microscopes photoniques, gestion et traitement des images, achats et veille technologique.
Le programme est dense et nous souhaitons que cette manifestation sera à la fois conviviale et riche d’échanges. Se rencontrer, connaître les collègues exerçant dans le même champ d’activité est un point fort des assises, où chacun s'identifie pour ses compétences spécifiques et peut, avec plus de facilité, accueillir un collègue ou un utilisateur de nos plateformes pour apporter ou renforcer une nouvelle compétence.
Notre tour de France des plateformes s’arrête cette année à Villefranche-sur-Mer, antenne de la plateforme niçoise MICA. Une occasion de découvrir ce site et ses acteurs.

Programme

Auditorium Mairie de Villefranche s/mer
>> Visite de l’Observatoire Océanologique et de sa plateforme d'imagerie (Villefranche-sur-mer)
>> Introduction / Présentation de la plateforme Microscopie Imagerie Côte d'Azur « MICA » (Frédéric BRAU)
>> Imagerie haut débit pour la détection d’organismes planctoniques (Gaby Gorski ou Lars Stemmann)
>> « CellID » un logiciel de segmentation interactive et classification supervisée pour l'analyse d'images de microscopie en haut débit (Michel Barlaud)
>> Présentation de l’offre de FBI et de ses conditions d’accès (Séverine Fantapie)
>> Présentation du Réseau des Electroniciens (Thierry Legou), Bases de données (xxxxxx) et RCCM (Jean-Pierre Laugier)
>> Actualités du RTmfm et de ses groupes de travail (Frédéric Brau)
- Le tour des questions posées à travers la liste de diffusion RTmfm (Anne Cantereau)
- Point sur le site web (Sandrine Lecart, Sophie Allart)
- Métrologie des systèmes de microscopie (Damien Schapman – Aurélien Dauphin)
- Groupe de travail Arduino (Christian Rouvière)
- Bilan sur les actions du groupe de travail FLIM (Marc Tramier)
>> Compte-rendu du projet « Gauss maintenance», relatif aux achats scientifiques, du service des achats de l’état (SAE) (Claude-Marie Bachelet)
>> Détecteurs haute sensibilité en microscopie confocale (GasP, HyD, APD) : comment ça marche ? Avantages et inconvénients (Marc Tramier)

St Jean Cap Ferrat)
>> Compte-rendu des stages de Master accueillis sur plates-formes et soutenus par le RTmfm (Darine Abi Aidar - Susanne Bolte - Anne Cantereau - Cyril Favard)
>> L’avenir des réseaux au sein de la « plate-forme réseaux » de la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS » Visio-conférence avec Vanessa Tocut (responsable de la plateforme réseaux du CNRS)
>> Développement logiciel pour la gestion centralisée des images via le web (WIDE) (Volker Bäcker)
>> Table ronde : « Métadonnées dans les bases de données images » (Cédric Matthews)
>> Bilan/conclusion des Assises, questions ouvertes

Participants : 56 (F : 46%, H : 54%)

Organismes d'appartenance